Oral mikrobiologi i mikrobiomæraen – hvornår, hvordan og hvorfor udføre mikrobiologisk diagnostik

Forbedrede sekventeringsteknikker har ført til en markant stigning i kendskabet til den orale mikrobiota i løbet af det sidste årti. Disse dyrkningsuafhængige teknologier har gjort det muligt at detektere bakterier, der endnu ikke kan dyrkes, og som udgør op til halvdelen af de omkring 700 arter, der til nu er identificeret i det orale mikrobiom. Tilsvarende har det orale mykobiom vist sig at være meget mere forskelligartet end tidligere antaget. For øjeblikket foregår der sammenlignende undersøgelser af mikrobiomet ved sundhed og sygdom, 
hvor både mikrobielle arter og deres funktionelle egenskaber afdækkes. Implikationerne for diagnostik og behandling er endnu uafklarede. Dyrkning er stadig den foretrukne diagnostiske metode både ved infektioner forårsaget af bakterier og svampe. Fordelen ved dyrkning er, at mange arter kan identificeres og testes for følsomhed over for antimikrobielle midler. DNA-baserede metoder er i stigende omfang tilgængelige til detektion af en række formodede parodontologiske patogener og til diagnosticering af virusinfektioner. Mikrobiologisk diagnostik af orale infektioner anvendes ikke rutinemæssigt, men kan anvendes ved komplicerede eller refraktære infektioner og i differentialdiagnostisk øjemed.