Den mikrobielle ætiologi til infektioner i de øvre luftveje omfatter følgende respirationsvejsvirus: rhino-, corna-, adeno-, respiratory syncytial virus, humant metapneumovirus, influenzavirus, parainfluenzavirus, cytomegalovirus, Epstein- Barr virus, herpes simplex virus og varicellazoster virus. De første syv af de nævnte virus giver anledning til forkølelse, pharyngitis og ”influenza-like illness” og kompliceres efter nogle dage ofte af tilstødende bakterieinfektion forårsaget af Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzea (akapsulate, resistente for phenoxymethylpenicillin), Moraxella catarrhalis (næsten alle stammer producerer β-laktamase) og Streptococcus pyogenes gruppe A. Ved akut otitis media har man fundet, at man hos 1/3 kun kan påvise virus, 1/3 kun bakterier og 1/3 både virus og bakterier i sekretet i mellemøret. Desværre findes der ikke bed-side hurtigtest til at differentiere mellem ætiologierne, og klinisk skelnen kan være usikker, hvorfor mange anbefaler ”watchfull-waiting”, før antibiotikumbehandling startes eller undlades. Samme situation ses ved rhinosinusitis. For empirisk at dække de anførte fire bakteriearter anbefales amoxicillin med clavulansyre. De øvrigt nævnte virus kræver sjældent antiviral behandling hos immunkompetente patienter.