Lokal behandling med antibiotika mot bakteriella infektioner ska ske så lite som möjligt och bara på klara indikationer. Indikationer för lokal antibiotikabehandling är dock mycket sällsynta. Vid orala svampinfektioner är lokalbehandling med nystatin förstahandspreparat. Vid svåra infektioner, speciellt hos patienter med sviktande infektionsförsvar kan systemisk behandling med fluconazole vara ett bra alternativ. I de flesta fall, framförallt vid infektioner i tandköttsfickor, runt implantat och i rotkanaler gäller kemo-mekanisk behandling effektivare än lokal behandling med antibiotika.