Målet med endodontisk behandling er å forebygge og behandle sykdommen apikal periodontitt. Eliminering av bakterier i rotkanalen er nødvendig for å oppnå en vellykket rotkanalsbehandling.

Rotkanalsprosedyren er basert på biologiske prinsipper om aseptikk og antiseptikk og inkluderer mange faser, som mekanisk utrenskning, irrigasjon og desinfeksjon. Rotfylling og en tett koronal forsegling skal forhindre reinfeksjon av kanalen.

Det er også viktig å forhindre kontaminasjon og infeksjon av rotkanalen under behandling. En vellykket rotkanalsbehandling sikres best ved å bruke kofferdam, sterile borr og instrumenter.

Aseptiske prosedyrer inkluderer også fjerning av plakk, karies og defekte fyllinger. Mangelfull aseptikk og antiseptikk gir infeksjon som kan forklare de mange mislykkede rotkanalsbehandlinger.